Theo một giả thuyết đưa ra năm 1630, những di dân từ vùng Hälsingland ở miền trung Thụy Điển đã đến sống ở khu vực mà hiện nay là sông Vantaa. Họ đã gọi khu vực này này là Helsingå ("sông Helsinge") rồi sau đó là làng Helsinge vào khoảng thế kỷ 14.[10] Tuy nhiên giả thuyết này còn nhiều điểm nghi vấn, vì những nghiên cứu gần đây cho thấy những di dân đầu tiên đến khu vực này nhiều khả năng là từ vùng Uppland chứ không phải Hälsingland.[11] Một giả thuyết khác cho rằng tên gọi của thành phố bắt nguồn từ tiếng Thụy Điển, từ helsing có nghĩa là "cái cổ", dùng để miêu tả vùng hạ lưu của sông Vantaa thu hẹp lại như một cái cổ.[12] Nhiều thành phố trong vùng Scandinavia với địa hình tương tự cũng có những cái tên giống với Helsinki, chẳng hạn như Helsingør ở Đan Mạch hay Helsingborg ở Thụy Điển.

Năm 1548, một ngôi làng mà hiện nay là quận Vanhankaupunginkoski được thành lập với tên gọi Helsinge fors, nghĩa là "vùng thác của sông Helsinge".[13] Dần dần, tên gọi này được rút gọn thành Helsinge hay Helsing, trước khi trở thành tên thành phố hiện nay.[14]

Tên gọi Helsinki được dùng chính thức trong tài liệu chính phủ và báo chí Phần Lan từ năm 1819 khi Quốc hội Phần Lan quyết định dời thủ đô từ Turku về khu vực này. Nghị định dời đô được ký kết với địa điểm xác định là Helsinki, đánh dấu lần đầu tiên cái tên này được sử dụng.[15] Trong tiếng Nga, thành phố được gọi là Gelsingfors.

Hiện nay, theo phương ngữ của Helsinki, thành phố thỉnh thoảng được gọi là Stadi (bắt nguồn từ tiếng Thụy Điển, stad nghĩa là "thành phố"). Một tên gọi thân mật khác là Hesa (viết tắt của Helsinki) nhưng không được dân địa phương sử dụng. Trong tiếng Sami, thành phố có tên là Helsset.[16]